医务处下设医院管理科和公共卫生科，分管校医院和健康教育教研室。

一、医院管理科负责组织并督促各附属医院贯彻落实国家卫生事业相关政策法规,组织、协调上级主管部门对各附属医院的监督、评审和检查；负责各附属医院医疗护理质量、医德医风监管工作；负责接待和协调处理各附属医院医疗投诉，及时督办解决；负责医疗卫生新技术评审和推广工作；负责继续医学教育管理工作。

二、公共卫生科负责学校公共卫生工作方案的制定与落实；负责学校突发公共卫生事件信息的收集和报告，参与处置突发公共卫生事件；负责学校内传染病的防控宣传，协助开展人群健康监测工作；负责对校园内公共场所的消毒进行指导、检查工作；负责学校职工独生子女费发放工作、异地离休及工伤人员医疗费审核报销工作。

三、佳木斯大学校医院(西南岗办社区卫生服务中心)坐落于佳木斯大学一学区，建筑面积2398平方米，集居民基本医疗，基本公共卫生项目管理，教职工和学生的预防保健，体质监测，疾病防控于一体的综合性基层医疗机构，承担着向阳区五个社区7.4万居民基本医疗及老年人健康管理、慢性病管理等十四类五十四项基本公共卫生服务。是佳木斯大学附属第一医院住院医师规范化培训全科基层实践基地，佳木斯大学临床医学、护理学、预防医学专业实践教学基地，佳木斯大学早期临床实践基地，是佳木斯市甲级规范预防接种门诊。中心现有职工53人，其中医生9人，护士15人，医技人员10人，全科医生团队33人，其中正高级职称3人，副高级职称10人，中级职称20人，硕士学历6人，本科学历30人。设有全科医学科、中医科、理疗科、检验科、放射线科、物理诊断科、药剂科、体检科、预防保健科、科研科等科室，并设有独立的发热诊室。拥有东软Phoneix彩色超声诊断系统、Sontu100-RAD数字化X线摄影机（DR）等先进的医疗诊断设备。中心加强信息数字化建设，引进安装了HIS系统、LIS系统及PACS系统、儿童计免叫号系统、预防接种系统及冷链温控系统，全部实现了数字化管理。预防接种门诊实现了智慧化管理，接种工作多次获得全市评比第一名，成为佳木斯市的排头兵。多次荣获佳木斯大学先进集体、先进党支部荣誉称号；首届医师节荣获佳木斯市“优秀医生团队”称号，获黑龙江省基层卫生技能竞赛团体三等奖。校医院（社区卫生服务中心）以提升师生员工和辖区居民就医体验为目标，以提高服务意识和医疗水平为根本，树立全人服务理念，为每一位教师、学生、居民提供满意的医疗保健、基本公共卫生管理、健康评估指导等省时、省心、省力、全面、快捷、专业的“一站式”服务。

四、健康教育教研室在分管院长领导下，协调大学教务部门，负责教研室的教学管理及安排教学工作。制定教研室建设规划及工作计划，组织实施及总结汇报。组织教师按教学大纲及教学计划认真完成教学任务。安排教研室工作会议和教研活动，带领和鼓励教师积极开展教研工作。组织检查本学科的教学质量，进行教学评估。督促检查、贯彻执行教研室各项规章制度。